كان كبير كتاب الديوان في عصره. كما كان مقدم الأراخنة في عهد الحاكم بأمر الله الخليفة الفاطمي. وقد عاصر هذا الشيخ البابا فيلوثاؤس البطريرك 63 (979-1003م) للكنيسة القبطية.
كان يوحنا مسيحيا تقيا بارا محسنا للفقراء محبا للكنيسة وغيورا على الإيمان الأرثوذكسي المسيحي. إستدعى الحاكم بأمر الله عشرة من رؤساء الكتاب وعرض عليهم الإسلام، وكان أولهم يوحنا أبو نجاح. ووعدهم بمناصب رفيعة في حكومته. فطلب منه يوحنا أن يمهله إلى الغد حتى يفكر في هذا الأمر. فأجاب طلبه وأطلقه.
مضى يوحنا إلى منزله ودعا أصدقاءه وعائلته وعرفهم بما حدث مع الخليفة وقال لهم: "أنا مستعد أن أموت على اسم السيد المسيح. وهدفي من طلب المهلة لم يكن لمشاورة نفسي بل للاجتماع بكم حتى أودعكم وأوصيكم ألا تطلبوا مجد هذا العالم الفاني فتضيعوا عليكم مجد السيد المسيح الدائم الباقي. فقد أشبع نفوسنا من خيرات الأرض، ولقد دعانا برحمته إلى ملكوت السموات. فلتتشدد قلوبكم." ولقد قوى كلامه المملوء بالحكمة قلوب سامعيه. وعزموا على أن يموتوا على اسم السيد المسيح. وصنع لهم هذا اليوم وليمة عظيمة.
وفي صباح اليوم التالي مضى يوحنا إلى الحاكم بأمر الله وأخبره أنه سيبقى أمينا للمسيح. فاجتهد الحاكم بكل أنواع الترغيب والوعيد أن يجعله يترك المسيحية. لكن ثبت يوحنا على الإيمان المسيحي. فأمر الحاكم بنزع ثيابه وشده في المعصرة وضربه. فضربوه خمسمائة سوط حتى انتثر لحمه وسالت دماءه. وكانت السياط مصنوعة من عروق البقر التي لا تقوى الجبابرة على احتمالها.
ثم أمر الحاكم أن يضرب إلى تمام الألف سوط. فلما ضرب ثلاثمائة سوط أخرى، قال مثل المسيح سيده: "أنا عطشان." فأوقفوا الضرب وأعلموا الحاكم بذلك. فقال: "أسقوه بعد أن تقولوا له أن يرجع عن دينه." فلما جاءوا إليه بالماء وقالوا له ما أمرهم الخليفة، أجابهم يوحنا بكل إباء وشمم قائلا: "أعيدوا له ماءه فإني غير محتاج إليه، لأن سيدي يسوع المسيح قد سقاني وأطفأ ظمئي." وقد شهد قوم ممن كانوا هناك أنهم أبصروا الماء يسقط في هذه اللحظة من لحيته. ولما قال هذا أسلم الروح. وعندما أعلموا الخليفة بموته، أمر أن يضرب وهو جثة هامدة حتى تمام الألف سوط. وهكذا تم استشهاده في 14 أبريل سنة 1003م ونال الإكليل المعد له من ملك الملوك يسوع المسيح له المجد.