قام مركز معلم الأجيال لحفظ ونشر تراث البابا شنودة الثالث، بإصدار ثلاث كتب روحية للبابا شنودة الثالث، لم تنشر من قبل. وهى:
1- الخدمة الروحية والخادم الروحى ج4
2- التجربة والاختبار.
3- تأملات فى الاجبية.
وقد قام البابا تواضروس الثانى بكتابة مقدمة لتلك الكتب، ونوه عنها فى كلمته فى عظة قداس الذكرى الثانية للبابا شنودة الثالث. قائلاً: إن البابا شنودة قد ترك لنا تراث عظيم للكنيسة وللأجيال القادمة، يوجد الكثير مما لم ينشر منه بعد. جدير بالذكر أن الكتب متاحة بمركز معلم الأجيال بكنيسة السيدة العذراء بالزيتون.